骨髓炎主要是由细菌感染引起的，最常见的致病菌是金黄色葡萄球菌，约占所有骨髓炎致病菌的50%~70%。
创伤相关感染引发
开放性骨折是导致骨髓炎的常见原因之一。比如，当骨折后伤口直接暴露在外界环境中，细菌很容易侵入伤口并感染骨骼。据统计，开放性骨折患者发生骨髓炎的概率相对较高，如果骨折部位污染严重，感染风险可能达到10%~20%。此外，手术创伤也可能引发骨髓炎，像骨科手术过程中，如果手术室环境消毒不彻底，或者患者自身术后护理不当，都可能让细菌有可乘之机，从而引发骨髓炎。
血源性感染导致
身体其他部位的感染病灶通过血液循环传播到骨骼也会引起骨髓炎。例如，患有皮肤脓肿、疖、痈等感染性疾病时，细菌可进入血液，随着血流到达骨骼部位。儿童时期，由于骨骺板附近的微小终末动脉与毛细血管往往更为弯曲，容易形成血管襻，血液流经此处时血流缓慢，细菌就更容易在此处停留并繁殖，所以儿童血源性骨髓炎相对多见。
临近感染蔓延而来
邻近的软组织感染可以直接蔓延至骨骼引发骨髓炎。比如糖尿病患者容易发生足部感染，若足部感染没有得到及时有效的控制，感染就可能向周围的骨骼蔓延，进而引发足部的骨髓炎。还有慢性胆囊炎患者，炎症也有可能蔓延影响到附近的骨骼，不过这种情况相对较少见，但一旦发生也会给患者带来较大的痛苦和治疗难度。