干燥综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为与遗传、免疫、感染等多种因素有关。据研究，遗传因素在其中起到一定作用，比如某些基因的携带可能增加患干燥综合症的风险。
遗传因素方面
基因关联： 有研究发现，人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合症的发病存在关联。特定的HLA基因亚型，如HLA-DR3、HLA-DR4等，在干燥综合症患者中的携带频率可能高于正常人群。这意味着遗传易感性在干燥综合症的发生中起到一定作用，携带相关易感基因的人群相对更容易患上该病。
免疫因素方面
自身免疫反应异常： 人体的免疫系统会错误地攻击自身的组织和器官。在干燥综合症患者体内，免疫系统会攻击唾液腺、泪腺等外分泌腺体，导致这些腺体的功能受损。例如，患者体内会产生多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等，这些自身抗体参与了对腺体的损伤过程。免疫系统的这种异常激活和自身免疫反应的持续存在，是干燥综合症发病的重要免疫机制。免疫细胞异常： T淋巴细胞和B淋巴细胞等免疫细胞的功能也会发生紊乱。T淋巴细胞的失衡可能导致免疫调节功能失常，不能有效地调控B淋巴细胞的活性。而B淋巴细胞会产生过多的自身抗体，进一步加重对腺体的破坏，使得唾液和泪液分泌减少，出现口干、眼干等干燥综合症的典型症状。
感染因素方面
病毒感染： 某些病毒可能与干燥综合症的发病有关。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。研究发现，EB病毒感染可能会触发人体的免疫反应，诱导自身抗体的产生，进而影响外分泌腺体的功能。丙型肝炎病毒感染也可能与干燥综合症的发生存在一定关联，病毒感染可能通过多种途径干扰人体的免疫平衡，从而增加患干燥综合症的几率。不过，目前对于病毒感染在干燥综合症发病中的确切作用机制还在进一步研究中，但可以确定感染因素是其病因的一部分。