胃底长息肉的原因较多，可能与多种因素相关。一般来说，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示部分胃息肉具有一定的遗传倾向；另外，幽门螺杆菌感染也是常见原因之一，约有50%以上的胃息肉患者合并幽门螺杆菌感染；还有长期不良的生活习惯，比如长期大量吸烟、酗酒，或者长期食用辛辣、腌制、烟熏等刺激性食物，也会增加胃底长息肉的风险，有数据表明长期有这类不良饮食生活习惯的人群，胃底息肉发生率比正常人群高2 - 3倍。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 某些遗传综合征可能与胃底息肉的发生有关，比如家族性腺瘤性息肉病等遗传性疾病，会使个体更容易出现胃内息肉，尤其是胃底部位的息肉。如果家族中有相关遗传病史，家族成员患胃底息肉的几率相对会增高。基因层面关联： 从基因角度看，一些特定基因的突变或异常表达可能参与了胃底息肉的形成过程，不过具体的基因机制还在进一步研究中，但可以明确遗传因素是其中一个重要的影响方面。
幽门螺杆菌感染作用
感染引发炎症刺激： 幽门螺杆菌感染人体后，会在胃内定植，引发胃部的慢性炎症反应。长期的炎症刺激会导致胃黏膜上皮细胞异常增生，进而增加胃底长息肉的可能性。研究发现，清除幽门螺杆菌后，部分胃底息肉有缩小甚至消退的情况。感染持续时间影响： 幽门螺杆菌感染持续时间越长，对胃黏膜的损伤和刺激越严重，胃底息肉发生的风险也就越高。一般感染超过5年以上的人群，胃底息肉的发生率明显上升。
不良生活习惯诱因
饮食方面： 长期大量进食辛辣食物，如辣椒、芥末等，会不断刺激胃黏膜，导致胃黏膜反复受损和修复，容易引发胃底息肉。长期食用腌制食品，其中含有的亚硝酸盐等物质在胃内可能转化为致癌物质，也会影响胃黏膜的正常状态，增加息肉形成几率。还有长期大量摄入烟熏食物，烟熏过程中产生的多环芳烃等有害物质会损害胃黏膜，促使息肉生长。吸烟酗酒影响： 烟草中的尼古丁等成分会影响胃黏膜的血液循环，使胃黏膜抵抗力下降，容易发生病变形成息肉。酒精对胃黏膜有直接的刺激作用，长期酗酒会导致胃黏膜充血、水肿、糜烂等，长期反复的损伤会诱发胃底息肉。有统计显示，每天吸烟超过20支且饮酒超过50克（相当于白酒1两左右）的人群，胃底息肉的检出率比不吸烟不饮酒人群高4 - 5倍。