新生儿黄疸是新生儿期常见的现象，约60%足月儿和80%早产儿在出生后2-3天会出现黄疸。其主要原因可从以下几方面来看：
胆红素生成过多
红细胞数量多且寿命短： 新生儿出生时红细胞数量相对较多，胎儿在宫内处于相对低氧环境，红细胞生成素水平高，出生后血氧含量增加，过多的红细胞被破坏，导致胆红素生成增加。一般足月儿红细胞寿命约70天，早产儿更短，仅35-45天，所以胆红素产生多。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能将血红素转化为胆红素，使得胆红素生成量进一步增多。
肝脏胆红素代谢障碍
肝细胞摄取胆红素能力不足： 新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，出生后需要一定时间才能达到正常水平，这就使得肝细胞摄取胆红素的能力在出生早期较弱，从而影响胆红素的代谢。肝脏结合胆红素功能差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以新生儿肝脏结合胆红素的能力较差，导致结合胆红素的量相对较少，影响胆红素的代谢排出。肝脏排泄结合胆红素能力缺陷： 新生儿肝脏排泄结合胆红素的功能也不够完善，出生后最初几天排泄结合胆红素的能力仅为成人的1% - 2%，容易出现胆汁排泄障碍，使得结合胆红素在体内堆积，引发黄疸。
肠肝循环增加
肠道菌群尚未完全建立： 新生儿出生时肠道内菌群很少，正常肠道菌群可以将结合胆红素还原成尿胆原等排出体外。但新生儿肠道菌群建立不完善，导致肠肝循环增加。胆红素在肠道被重吸收回肝脏，使得肝脏处理胆红素的负担加重，进而加重黄疸。例如，正常情况下肠道菌群能将结合胆红素转化为粪胆原排出，但新生儿肠道菌群少，转化能力弱，就会使更多胆红素重吸收。肠道内β - 葡萄糖醛酸苷酶活性高： 新生儿肠道内β - 葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶能将结合胆红素水解成未结合胆红素，使得更多未结合胆红素被肠道重吸收，进一步增加了肠肝循环，导致黄疸持续时间可能延长。