婴儿黄疸主要是因为胆红素代谢异常，导致血清胆红素水平升高，从而使皮肤、黏膜和巩膜发黄。新生儿中，约60%的足月儿和80%的早产儿在出生后会出现生理性黄疸，一般在出生后2-3天出现，4-5天达到高峰。
生理性黄疸的原因
胆红素生成过多： 新生儿红细胞数量多，寿命相对短，破坏后产生的胆红素比成人多。胎儿在宫内处于低氧环境，红细胞代偿性增多，出生后氧分压升高，过多的红细胞被破坏，导致胆红素生成增加。肝功能不成熟： 新生儿肝细胞内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量低，出生后1周才达到成人水平；肝细胞结合胆红素的能力不足，尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）的量及活性不足，仅为成人的1% - 2%，所以生成结合胆红素的能力较差；肝细胞排泄结合胆红素的功能也不完善，容易出现胆汁淤积。
病理性黄疸的原因
感染性因素：
- 新生儿肝炎： 多由病毒引起，如乙型肝炎病毒、巨细胞病毒等。病毒可通过胎盘或产道感染胎儿，出生后肝脏受到病毒侵袭，影响胆红素代谢，导致黄疸。
- 新生儿败血症： 细菌感染侵入血液，在血液中繁殖并产生毒素，影响肝细胞的功能，干扰胆红素的正常代谢过程，从而引发黄疸。
非感染性因素：
- 新生儿溶血病： 常见于母婴血型不合，如ABO血型不合或Rh血型不合。母亲血型抗体通过胎盘进入胎儿体内，破坏胎儿红细胞，导致大量胆红素生成，出现黄疸。ABO血型不合较常见，尤其是母亲为O型血，胎儿为A型或B型血时。
- 胆道闭锁： 这是一种先天性疾病，胆道发育异常，导致胆汁排泄障碍，胆红素不能正常排出体外，堆积在体内引起黄疸。一般在出生后2周左右出现黄疸，并逐渐加重，大便颜色变浅甚至呈白陶土色。