口腔溃疡的发病原因较为复杂，目前认为可能与多种因素相关。据统计，大约有20% - 30%的人会受到口腔溃疡的困扰。
一、局部创伤因素
口腔内机械性损伤： 比如刷牙时用力过猛，不小心划伤口腔黏膜；或者吃了比较坚硬的食物，像坚果、脆骨等，擦伤了口腔黏膜，就容易引发口腔溃疡。另外，牙齿的残冠、残根边缘不光滑，不断摩擦口腔黏膜，也会导致局部反复溃疡。假牙不合适： 如果佩戴的假牙不合适，比如假牙的边缘过于锐利，长时间刺激口腔组织，也会引起口腔溃疡。一般佩戴假牙的人群中，约有10% - 15%会因为假牙问题出现口腔溃疡。
二、免疫系统因素
免疫功能紊乱： 当人体的免疫系统出现紊乱时，就容易引发口腔溃疡。例如，自身免疫性疾病患者，像白塞病患者，口腔溃疡往往是其典型症状之一，这类患者体内的免疫系统会错误地攻击自身组织，导致口腔黏膜反复溃疡。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如长期熬夜、过度劳累、营养不良等情况，就容易受到病原体的侵袭，从而引发口腔溃疡。像经常熬夜的人，患口腔溃疡的概率比作息规律的人要高2 - 3倍。
三、营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族缺乏，比如维生素B2、维生素B6、维生素B12等缺乏时，容易引发口腔溃疡。有研究表明，约30%的口腔溃疡患者存在维生素B族缺乏的情况。其中，维生素B2参与体内生物氧化与能量代谢等过程，缺乏时会影响黏膜的正常代谢。微量元素缺乏： 锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌是人体多种酶的组成成分，参与核酸和蛋白质的合成等重要生理过程，缺锌会影响细胞的正常分裂和修复，导致口腔溃疡发生；铁是血红蛋白的组成成分，缺铁会影响免疫系统功能，增加口腔溃疡的发病风险。