自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下几方面因素有关。目前认为遗传因素在自闭症发病中占比较大，有研究显示约70% - 90%的自闭症患儿存在遗传方面的异常。
遗传因素方面
基因变异： 多个基因的变异可能与自闭症相关。例如，一些涉及神经发育、突触功能等的基因发生突变或拷贝数变异，就可能增加患自闭症的风险。比如常见的SHANK3基因等，如果出现突变，孩子患自闭症的可能性会明显升高。家族遗传倾向： 如果家族中有自闭症患者，那么家族其他成员患自闭症的概率比普通人群高。有研究表明，自闭症患儿的一级亲属（父母、兄弟姐妹）中自闭症的患病率显著高于一般人群，大约在2% - 10%左右，而二级亲属（祖父母、外祖父母等）的患病率也会高于正常人群。
孕期因素方面
母亲孕期感染： 母亲在孕期如果感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响胎儿的神经发育，增加孩子患自闭症的风险。有研究发现，母亲在孕期感染风疹病毒，胎儿患自闭症的概率比未感染的情况高2 - 3倍。孕期接触有害物质： 母亲孕期接触一些有害物质，像铅、汞等重金属，或者处于高辐射环境中，也可能对胎儿的神经系统发育产生不良影响，从而增加孩子患自闭症的几率。例如长期处于铅污染环境中的孕妇，其胎儿发生自闭症相关神经发育异常的风险会有所上升。
出生后早期环境因素方面
早期大脑发育关键期的不良刺激： 在婴儿出生后的早期大脑发育关键期，如果受到不良的环境刺激，比如缺乏丰富的视觉、听觉等感官刺激，或者成长环境过于单调、缺乏与他人正常的互动交流等，可能会影响大脑的正常发育，增加自闭症发生的可能性。比如长期被过度隔离、缺乏亲子互动的婴儿，患自闭症的风险相对较高。疫苗因素争议： 曾经有过关于自闭症与疫苗（如麻疹 - 腮腺炎 - 风疹疫苗）的争议，但目前大量科学研究已经证实，疫苗接种与自闭症发病不存在因果关系。世界卫生组织等权威机构经过多年的大规模研究调查，明确表示没有证据表明疫苗会导致自闭症。