巨细胞病毒感染症的症状因感染对象不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无明显症状，少部分人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，持续时间可能为数周。
婴幼儿感染的症状
先天性感染： 胎儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限，出生后可能有肝脾肿大、黄疸、皮肤瘀点、小头畸形、脉络膜视网膜炎等表现。据统计，约10%的先天性巨细胞病毒感染婴儿出生时就有明显症状，而约90%的无症状感染者可能在出生后数月至数年出现听力丧失、智力发育迟缓等后遗症。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数无症状，少数可出现轻度肝炎，表现为肝肿大、肝功能异常等。
免疫功能低下人群的症状
艾滋病患者： 巨细胞病毒可引起多系统损害，如巨细胞病毒性视网膜炎，导致视力下降甚至失明；还可引起胃肠道感染，出现腹痛、腹泻、便血等症状；累及肺部时，可出现咳嗽、呼吸困难等肺炎表现。器官移植受者： 移植后因免疫抑制，巨细胞病毒易活化，可导致肺炎、肝炎、胃肠道疾病等，肺炎患者会有发热、咳嗽、气促等症状，肝炎患者表现为肝功能异常、黄疸等。
成人原发性感染的症状
成人原发性巨细胞病毒感染，除了可能出现发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等类似单核细胞增多症的表现外，还可能有皮疹，多为斑丘疹或丘疹，持续1 - 3周消退。部分人还可能有关节痛、肌痛等症状。