巨细胞病毒感染的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于免疫功能正常的人，感染巨细胞病毒后多数无明显症状，部分人可能出现类似感冒的表现，如低热、乏力、肌肉酸痛等，持续时间可能较短。而对于免疫功能低下者，如艾滋病患者、器官移植后长期使用免疫抑制剂的人等，感染后症状较为多样，可能累及多个器官系统。
一、婴幼儿感染症状
先天性感染： 孕妇在孕期感染巨细胞病毒可传播给胎儿，约10%的先天性感染婴儿出生时可出现症状，如低体重、肝脾肿大、黄疸、皮肤瘀点、小头畸形、脉络膜视网膜炎等。有些婴儿出生时可能无症状，但在出生后数周、数月甚至数年才逐渐出现听力丧失、智力发育迟缓、运动障碍等后遗症。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数无症状，少数可出现轻微呼吸道症状，如咳嗽等，或有肝脾轻度肿大等表现。
二、成人免疫功能正常者感染症状
无症状感染： 大部分成人感染巨细胞病毒后为无症状感染，自身免疫系统可将病毒限制，不出现明显临床症状。有症状感染： 少数人会出现类似传染性单核细胞增多症的表现，如发热、咽痛、淋巴结肿大、乏力、肌肉酸痛等，外周血中可出现异型淋巴细胞，但一般症状较轻，病程相对自限，数周内可恢复。
三、免疫功能低下者感染症状
肺部感染： 可出现发热、咳嗽、呼吸困难等症状，胸部影像学检查可见间质性肺炎等改变。胃肠道感染： 表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，严重时可导致胃肠道出血等并发症。中枢神经系统感染： 可出现头痛、意识障碍、抽搐等神经系统症状，影响脑实质和脑膜等。