急性肠炎通常可以使用抗感染药物、止泻药物、调节肠道菌群药物等缓解症状，一般来说，及时用药后能在数天内改善症状。
抗感染药物的应用
如果是细菌感染引起的急性肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类药物，但18岁以下人群禁用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。对于病毒感染导致的急性肠炎，一般不需要使用抗病毒药物，以对症治疗为主。
止泻药物的选择
蒙脱石散：这是常用的止泻药，它可以吸附肠道内的病菌和毒素，保护肠道黏膜。成人和儿童都能使用，直接冲服即可。黄连素片：也有一定的止泻作用，能对抗病原微生物，对于肠道细菌感染引起的腹泻有帮助，但儿童使用时要在医生指导下调整剂量。
调节肠道菌群药物的作用
双歧杆菌四联活菌片：可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的急性肠炎症状。它需要冷藏保存，以保证活菌的活性。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：同样是补充肠道有益菌的药物，能促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，帮助恢复肠道正常的生理功能。
对症支持药物的情况
如果患者有腹痛症状，可适当使用颠茄片等解痉止痛药物，但这类药物可能会有口干、视物模糊等不良反应，青光眼患者禁用。对于有脱水症状的急性肠炎患者，还需要补充水分和电解质，轻度脱水可以口服补液盐，重度脱水则需要静脉补液来纠正脱水和电解质紊乱。