肛门直肠周围脓肿主要是由细菌感染引起的。一般来说，肛腺感染是引发肛门直肠周围脓肿的常见原因，约占80%左右。
肛腺感染导致脓肿
肛窦损伤引发感染： 肛窦像口袋一样，容易积存粪便，若发生损伤，比如被坚硬粪便擦伤等情况，细菌就容易侵入肛窦。一旦肛窦感染，炎症会向周围蔓延，首先累及肛腺。肛腺是一种分泌黏液的小腺体，它的感染会进一步扩散。肛腺蔓延形成脓肿： 肛腺感染后，炎症沿着肛管直肠周围的间隙蔓延。因为这些间隙内含有疏松的结缔组织，感染容易在其中扩散，从而形成肛门直肠周围脓肿。例如，感染向上蔓延可能形成骨盆直肠间隙脓肿；向下蔓延可能形成肛周皮下脓肿等。
全身抵抗力下降诱发
营养不良人群： 长期营养不良的人，身体的抵抗力相对较弱，比如一些患有慢性疾病且营养摄入不足的患者，更容易受到细菌的侵袭。当身体抵抗力低下时，原本数量较少、毒性较弱的细菌也有可能引发感染，进而导致肛门直肠周围脓肿。一般来说，这类人群发生肛门直肠周围脓肿的风险比营养状况良好的人要高2 - 3倍。患有糖尿病等疾病的人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体的免疫功能会受到影响。高血糖环境有利于细菌的生长繁殖，而且糖尿病患者伤口愈合能力较差，一旦发生肛窦等部位的感染，就更容易发展成肛门直肠周围脓肿。据统计，糖尿病患者并发肛门直肠周围脓肿的概率比非糖尿病患者高约5倍。
医源性因素导致
直肠指检操作不当： 在进行直肠指检时，如果操作过于粗暴，可能会损伤肛管直肠黏膜，从而使细菌进入组织间隙引发感染。虽然正规的直肠指检规范操作很少会导致感染，但不规范的操作有可能成为诱因。手术引起的感染： 比如在进行肛肠手术时，如内痔手术、肛瘘手术等，如果手术过程中消毒不严格，或者术后护理不当，都可能导致手术部位感染，进而引发肛门直肠周围脓肿。一般来说，术后发生感染导致肛门直肠周围脓肿的概率约为1% - 5%左右。