肛门直肠周围脓肿主要症状有局部疼痛，一般在发病初期就较为明显，尤其是在坐着、行走或排便时疼痛会加重，有的患者疼痛程度较为剧烈，可能影响正常生活。另外，局部会出现红肿，病变部位皮肤温度升高，用手触摸能感觉到肿块，且有压痛。部分患者还会伴有全身症状，比如发热，体温可能会升到38℃~39℃左右，有的患者还会出现寒战等表现。
局部疼痛表现
不同部位的疼痛特点： 肛门周围皮下脓肿，疼痛相对局限在肛门周围，刚开始可能是持续性胀痛，之后逐渐加重为跳痛。坐骨直肠窝脓肿，疼痛较为明显，开始为胀痛，慢慢发展为持续性胀痛，严重时坐立不安。疼痛与活动的关系： 患者在行走时，由于身体的晃动会加重局部的刺激，从而使疼痛加剧；排便时，粪便刺激病变部位，也会让疼痛明显加重。
局部红肿表现
红肿范围变化： 肛门周围皮下脓肿，初期局部皮肤可出现红肿，范围相对较小，随着病情发展，红肿范围可能会逐渐扩大。坐骨直肠窝脓肿，开始时局部红肿不明显，之后会出现较为广泛的红肿，皮肤发红的范围较大，而且肿胀明显。皮肤温度情况： 用手触摸病变部位，能感觉到皮肤温度比周围正常皮肤温度高，这是因为局部炎症导致血液循环加快，代谢增强。
全身症状表现
发热程度差异： 一般来说，脓肿较大、感染较重时，发热情况较为明显。有的患者体温在38℃左右，属于低热；而有的患者体温能达到39℃以上，属于高热。寒战出现情况： 当感染比较严重，身体的炎症反应较为剧烈时，部分患者会出现寒战，表现为身体不自觉地发抖，这是因为细菌产生的毒素等物质引起了机体的强烈反应。