胃肠道功能紊乱可使用的药物需根据具体症状来选择。一般来说，若有消化不良症状，可使用多酶片等；若有腹痛，可使用匹维溴铵等。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解腹胀、早饱等症状，适用于胃肠动力不足引起的消化不良。一般成人常用量是一次1片，一日3次，饭前15 - 30分钟服用。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，可用于改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等消化道症状。成人一次1片，一日3次，饭前服用。不过，对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
调节消化液分泌的药物
复方消化酶： 含有多种消化酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等，能促进食物消化，用于食欲缺乏、消化不良，包括腹部不适、嗳气、早饱、餐后腹胀、恶心、排气过多、脂肪便等。成人一次1 - 2粒，一日3次，饭后服用。但急性肝炎患者和胆道完全闭锁患者禁用。健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的作用，用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等。成人一次3片，一日3次，小儿酌减。但孕妇应慎用，有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者应在医师指导下服用。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌。成人一次3片，一日3次。不过，抗生素可抑制其生长繁殖，应避免同时使用，如必须使用，应与抗生素间隔2 - 3小时服用。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 主要成分是地衣芽孢杆菌，可用于细菌或真菌引起的急、慢性肠炎、腹泻，也可用于其他原因引起的胃肠道菌群失调的防治。成人一次2粒，一日3次。服用时应避免与抗菌药同服，若必须同服，需间隔3小时。