消化性溃疡最主要的症状是上腹部疼痛，约有2/3的患者疼痛具有节律性。比如十二指肠溃疡患者多表现为空腹疼，疼痛往往在餐后2~4小时出现，持续至下一次进餐前，约半数患者有午夜痛；而胃溃疡患者的疼痛多在餐后1小时内出现，经1~2小时后逐渐缓解，下餐前消失。
疼痛的性质与程度
隐痛与钝痛为主：消化性溃疡的上腹痛一般为隐痛、钝痛、胀痛、烧灼样痛等。疼痛程度不一，多数患者能忍受，部分患者疼痛较剧烈。比如十二指肠溃疡活动期，疼痛可能较为明显，呈较剧烈的胀痛或灼痛。疼痛有周期性：发作呈周期性，每年秋冬季节和冬春季节交替时容易发作，发作期可为数周或数月，缓解期亦长短不一。有的患者发作有季节性，比如冬季或早春容易发病。
疼痛的部位特点
多在上腹部中线附近：十二指肠溃疡的疼痛多位于上腹正中或偏右，胃溃疡的疼痛多在中上腹偏左。比如十二指肠溃疡患者疼痛常出现在右上腹，而胃溃疡患者疼痛部位可能更靠近左上腹。可放射至其他部位：部分患者疼痛可放射至背部，十二指肠溃疡尤其容易出现这种情况，疼痛可放射至剑突下、背部等部位；胃溃疡放射至背部的情况相对较少，但也可能发生。
疼痛与进食的关系
十二指肠溃疡疼痛与进食关系密切：典型的十二指肠溃疡疼痛表现为空腹痛，进食后缓解。例如，患者空腹时胃内胃酸分泌，刺激溃疡面引发疼痛，进食后，食物中和胃酸，疼痛得到缓解。一般进食后0.5~3小时疼痛逐渐缓解，下次进餐前又出现疼痛。胃溃疡疼痛与进食关系也有特点：胃溃疡疼痛多在进食后不久出现，进食不能缓解，甚至加重，然后经过1~2小时后逐渐缓解，再次进食后又重复这个过程。比如进食后1小时左右开始出现上腹部疼痛，持续1~2小时后缓解，下次进食后又重复疼痛过程。