慢性胃肠炎并没有绝对专用的药物，需根据不同症状选择合适药物。一般来说，常用药物包括抑酸剂、胃黏膜保护剂、益生菌等。比如抑酸剂中的质子泵抑制剂，像奥美拉唑，可抑制胃酸分泌，缓解因胃酸过多导致的胃痛、反酸等症状，其价格因剂型和厂家不同有所差异，普通剂型大概几元到十几元一盒。
抑酸剂类药物
质子泵抑制剂：这类药物能高效抑制胃酸分泌，常见的有奥美拉唑、兰索拉唑等。它们通过特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减轻胃酸对胃黏膜的刺激，适用于胃酸分泌过多引起的慢性胃肠炎，缓解胃痛、烧心、反酸等症状。H₂受体拮抗剂：如雷尼替丁、法莫替丁等，通过阻断组胺H₂受体来减少胃酸分泌，药效相对质子泵抑制剂稍弱，但也能起到一定的抑酸作用，可用于轻中度慢性胃肠炎伴有胃酸过多的情况。
胃黏膜保护剂类药物
铝碳酸镁：它可以中和胃酸，还能在胃黏膜表面形成保护膜，覆盖受损的胃黏膜，起到保护作用，同时能吸附胆汁酸等，缓解胃部不适，对慢性胃肠炎引起的胃痛、胃胀等有一定的缓解效果，一般价格较为亲民，一盒几十元左右。硫糖铝：能在溃疡面或炎症处形成一层保护膜，阻止胃酸、胃蛋白酶等对黏膜的侵袭，促进黏膜修复，适用于慢性胃肠炎出现胃黏膜损伤的患者。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于慢性胃肠炎导致的肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀等症状有一定的调理作用。一般一盒的价格在十几元到几十元不等。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：主要成分是地衣芽孢杆菌，可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，维持肠道正常菌群，对慢性胃肠炎引起的肠道功能紊乱有一定的改善作用，价格相对较为实惠。