肩胛骨内侧痛可能由多种原因引起。一般来说，肌肉劳损是常见原因之一，比如长时间保持不良姿势，像久坐、伏案工作等，可能导致肩胛骨周围肌肉疲劳、紧张，进而引发内侧疼痛，这种情况在经常需要低头工作的人群中较为多见。
肌肉骨骼方面的原因
肌肉劳损：长时间保持同一姿势，例如长期伏案工作、低头看手机等，会使肩胛骨内侧的肌肉持续处于紧张状态，时间一长就容易出现劳损，引发疼痛。一般这种疼痛在适当休息后可能会有所缓解，但如果持续时间较长，就需要引起重视。颈椎病：颈椎发生病变时，如颈椎间盘突出等，可能会压迫神经根，从而导致肩胛骨内侧出现放射性疼痛。颈椎病好发于中老年人，但现在年轻人由于长期不良的生活和工作习惯，发病年龄也有提前的趋势。通常颈椎病还可能伴有颈部疼痛、上肢麻木等症状。
肺部疾病相关原因
胸膜炎：胸膜炎是胸膜的炎症，当炎症累及到肩胛骨内侧附近的胸膜时，就可能引起肩胛骨内侧疼痛。胸膜炎患者除了有肩胛骨内侧痛外，还可能伴有胸痛、咳嗽、发热等症状，而且咳嗽或深呼吸时疼痛往往会加重。肺部肿瘤：肺部的肿瘤性病变，如肺癌等，当肿瘤侵犯到胸膜或者周围组织时，也可能导致肩胛骨内侧出现疼痛。这种疼痛一般持续时间较长，且可能会伴有咳嗽、咳痰、咯血等症状。
其他可能原因
外伤：如果肩部曾经受到过外伤，比如摔倒时肩部着地、肩部受到撞击等，可能会导致肩胛骨周围的软组织损伤或者肩胛骨骨折等情况，从而引起肩胛骨内侧疼痛。外伤后的疼痛通常比较明显，可能还会伴有局部肿胀、淤血等表现。强直性脊柱炎：这是一种自身免疫性疾病，主要累及脊柱和骶髂关节等部位，但也可能影响到肩部，导致肩胛骨内侧疼痛。强直性脊柱炎多见于青少年男性，病情可能会逐渐进展，影响关节活动。