自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究表明可能与以下因素有关。目前认为自闭症的发生是多种因素共同作用的结果，其中遗传因素占据重要地位，相关研究显示，遗传因素在自闭症发病中所占比例约为70%~90%。
遗传因素方面
基因层面： 已有大量研究发现，多个基因的突变或变异与自闭症的发生相关。例如，一些与神经发育、突触功能等相关的基因发生改变时，就可能增加患自闭症的风险。而且这种遗传倾向具有家族聚集性，如果家族中有自闭症患者，那么家族其他成员患自闭症的概率会比普通人群高很多。染色体异常： 某些染色体的异常也可能引发自闭症。比如，21号染色体、18号染色体等的结构或数目异常，都可能导致神经系统发育出现问题，进而增加患自闭症的可能性。
孕期因素影响
母亲孕期感染： 孕妇在孕期如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒等病原体，可能会影响胎儿的神经系统发育，从而增加孩子患自闭症的风险。有研究发现，孕期感染风疹病毒的孕妇所生婴儿患自闭症的概率比正常孕妇所生婴儿高不少。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触过多的重金属（如铅等）、有机溶剂（如苯等）等有害物质，会对胎儿的大脑发育产生不良影响，增加胎儿患自闭症的几率。例如长期处于含有较高浓度有害物质环境中的孕妇，其胎儿发生自闭症的可能性明显升高。孕期不良生活习惯： 孕妇孕期大量吸烟、酗酒，也可能影响胎儿的神经发育。吸烟会使胎盘血管收缩，影响胎儿的血氧供应；酗酒则可能导致胎儿酒精综合征，其中就包括自闭症相关的表现。
出生后早期环境因素
早期大脑发育关键期的刺激不足： 在婴儿出生后的大脑发育关键期，如果孩子所处的环境过于单调，缺乏丰富的视觉、听觉、触觉等刺激，可能会影响大脑神经回路的正常形成，从而增加患自闭症的风险。比如长期生活在没有太多玩具、缺乏与人互动交流环境中的婴幼儿，相对更容易出现自闭症相关症状。感染与免疫因素： 婴儿出生后如果发生某些感染性疾病，如脑炎等，可能会引发免疫系统的异常反应，进而影响神经系统的发育，增加自闭症的发病概率。而且有研究发现，自闭症患儿体内的免疫功能可能存在一定的异常情况，比如免疫细胞的功能紊乱等。