自闭症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为自闭症的发生是多种因素共同作用的结果。
遗传因素
基因变异： 大量研究表明，遗传因素在自闭症的发病中占据重要地位。据统计，约70% - 90%的自闭症病例与遗传因素相关。许多基因的变异可能会增加患自闭症的风险，例如常见的一些与神经发育相关的基因发生突变等情况，就可能导致自闭症的发生。家族遗传倾向： 如果家族中有自闭症患者，那么家族其他成员患自闭症的概率会比普通人群明显升高。有血缘关系的亲属中患有自闭症，其后代发病风险会显著增加。
孕期因素
母体感染： 孕妇在孕期如果感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响胎儿的神经发育，增加孩子患自闭症的可能性。有研究显示，孕期母亲感染风疹病毒，胎儿患自闭症的风险会大幅上升。孕期不良环境暴露： 孕妇在孕期接触过多的有害物质，像铅、汞等重金属，或者长期处于污染的环境中，也可能对胎儿的神经系统发育产生不良影响，从而增加孩子患自闭症的几率。此外，孕期吸烟、饮酒等不良生活习惯，也会干扰胎儿的正常发育，与自闭症的发生有一定关联。
新生儿因素
早产或低出生体重： 早产儿（胎龄小于37周）和低出生体重儿（出生体重小于2500克）患自闭症的风险相对较高。这是因为早产儿的神经系统发育可能还不完善，低出生体重儿在发育过程中可能面临更多的健康挑战，这些都可能影响大脑的正常发育，进而增加患自闭症的可能性。新生儿期并发症： 新生儿在出生时如果出现缺氧、窒息等并发症，会对大脑造成不同程度的损伤，影响神经细胞的正常发育和功能连接，从而增加患自闭症的风险。例如，新生儿窒息时间过长，就可能干扰大脑的神经发育过程，使得自闭症的发病几率上升。