川崎病的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与多种因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染因素触发机体的异常免疫反应所致。
感染因素相关
病毒感染： 有研究提示，多种病毒可能与川崎病的发生有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。不过具体的感染机制还在进一步探索中，病毒可能通过某些途径激活免疫系统，引发异常的免疫应答。细菌感染： 链球菌等细菌感染也被怀疑与川崎病有一定关联，但还没有确凿的证据表明是直接的因果关系，只是发现川崎病患儿在发病前后可能有细菌感染的相关表现。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿的免疫系统会出现过度激活的情况。体内的多种免疫细胞和细胞因子会发生变化，例如T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能紊乱，导致产生大量异常的细胞因子，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等，这些细胞因子会引起血管的炎症反应，进而导致川崎病相关的血管病变。自身免疫反应： 机体的自身免疫反应在川崎病发病中起到重要作用。免疫系统错误地将自身血管组织当作外来异物进行攻击，使得血管出现炎症，累及全身多个部位的血管，尤其是中等大小的血管，像冠状动脉等。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。有家族聚集性的现象，某些特定的基因变异可能会增加个体患川崎病的风险。比如一些与免疫调节相关的基因，如果发生突变或变异，可能会影响机体对感染等因素的免疫应答，从而更容易引发川崎病。不过目前关于具体是哪些基因以及如何影响发病的细节还在深入研究中。