川崎病的具体病因目前还不完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。目前认为川崎病可能是在遗传易感性基础上，由感染因素触发的异常免疫反应所致。
感染因素相关
病毒感染： 多种病毒可能与川崎病有关，比如逆转录病毒、EB病毒等。有研究发现部分川崎病患儿发病前有病毒感染的迹象，但具体的病毒如何引发川崎病的详细机制还在进一步探索中。细菌感染： 某些细菌感染也被怀疑与川崎病有联系，像链球菌等细菌感染后，可能会引发机体的异常免疫应答，从而增加患川崎病的风险，但具体的关联机制尚未完全清晰。
免疫因素相关
异常免疫反应： 川崎病患儿体内会出现免疫系统异常激活的情况。例如，机体的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会被过度激活，产生大量的细胞因子和炎症介质，如白细胞介素 - 1、白细胞介素 - 6等，这些炎症介质会导致血管的炎症反应，进而引发川崎病的一系列症状，包括发热、皮疹、结膜充血等。免疫调节失衡： 正常情况下，机体的免疫调节是平衡的，但在川崎病患儿体内，这种免疫调节失衡。一些调节免疫反应的因子不能正常发挥作用，使得免疫反应持续处于亢进状态，对血管等组织造成损伤。
遗传因素相关
遗传易感性： 研究表明，川崎病具有一定的遗传易感性。有家族史的儿童患川崎病的风险相对较高。比如，如果家族中有亲属患过川崎病，那么其他家庭成员患川崎病的概率比普通人群要高一些。不过，具体是哪些基因参与了川崎病的遗传易感性还需要进一步深入研究，目前已经发现了一些与免疫相关的基因可能与川崎病的遗传易感性有关。