川崎病的病因目前尚未完全明确，但普遍认为与感染因素、免疫因素以及遗传因素等有关。目前研究发现，多种病原体感染可能与川崎病的发生相关，比如逆转录病毒、金黄色葡萄球菌等，但具体机制还在进一步探索中。
感染因素相关
病毒感染： 有研究表明，某些病毒可能是引发川崎病的诱因之一。例如， Epstein - Barr 病毒等，不过具体的感染途径和病毒作用机制还需要更多深入研究来明确。细菌感染： 像金黄色葡萄球菌等细菌感染也被推测可能与川崎病的发生存在关联，但目前还没有确凿的证据表明是直接的因果关系，只是在川崎病患儿的机体中有时能检测到这些细菌相关的成分。
免疫因素相关
免疫系统异常激活： 川崎病患儿的免疫系统会出现异常激活的情况。身体的免疫细胞会被过度激活，产生大量的细胞因子等炎症介质，从而导致全身血管的炎症反应，这是川崎病发病的重要免疫机制。例如，白细胞介素 - 6 等多种细胞因子水平会显著升高，引发血管的炎症改变。自身免疫反应： 机体的自身免疫反应也参与了川崎病的发病过程。免疫系统可能错误地将自身血管组织当作外来异物进行攻击，导致血管内皮细胞受损，进而引发一系列的血管炎症表现，如血管扩张、充血等。
遗传因素相关
遗传易感性： 川崎病具有一定的遗传易感性。研究发现，某些特定的基因变异可能会增加个体患川崎病的风险。例如，人类白细胞抗原（HLA）基因区域的某些等位基因与川崎病的发病存在相关性。不同种族的人群中，川崎病的发病与特定基因的关联情况也有所不同，这提示遗传因素在川崎病的发病中起到了一定作用，但具体的遗传模式和相关基因的作用机制还需要更广泛和深入的研究来阐明。