腰两侧疼痛，隐隐作痛可能的原因和建议的处理方法如下：
1.肾脏疾病：如肾结石、肾盂肾炎等，可能导致腰部疼痛。此外，还可能出现尿频、尿急、尿痛等症状。建议及时就医，进行肾脏超声、尿常规等检查，以明确诊断。治疗方法包括药物治疗、手术治疗等，具体治疗方案应根据病情而定。
2.腰椎间盘突出：长期劳损、外伤、椎间盘退行性病变等可能导致腰椎间盘突出，压迫神经根，从而引起腰部疼痛。疼痛可能放射至臀部、腿部，甚至出现麻木、无力等症状。建议就医进行腰椎CT或磁共振成像（MRI）检查。治疗方法包括休息、物理治疗、药物治疗、手术治疗等。
3.腰肌劳损：长时间保持同一姿势、过度劳累、腰部受伤等可能导致腰肌劳损，引起腰部疼痛。疼痛通常为钝痛，休息后可缓解。建议休息、热敷、按摩等，以缓解疼痛。
4.女性生殖系统疾病：如盆腔炎、宫颈炎、子宫肌瘤等，也可能引起腰部疼痛。此外，还可能出现白带异常、月经失调等症状。建议及时就医，进行妇科检查、超声等检查，以明确诊断。治疗方法包括药物治疗、物理治疗、手术治疗等。
5.泌尿系统感染：如膀胱炎、尿道炎等，可能导致腰部疼痛。此外，还可能出现尿频、尿急、尿痛等症状。建议及时就医，进行尿常规、尿培养等检查，以明确诊断。治疗方法包括药物治疗，如抗生素等。
6.其他：腹部肿瘤、骨质疏松、强直性脊柱炎等也可能引起腰部疼痛。
总之，腰两侧疼痛，隐隐作痛的原因较多，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。此外，在日常生活中，应注意保持良好的姿势，避免长时间弯腰、久坐等，适当进行腰部锻炼，以预防腰部疾病的发生。