儿童矮小的原因有多种。据统计，约30%的儿童矮小与生长激素缺乏有关。
生长激素缺乏相关
垂体问题导致：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体本身发育异常，就可能引起生长激素分泌不足，从而影响儿童身高增长。比如垂体肿瘤等病变可能干扰生长激素的正常分泌。基因缺陷影响：某些基因发生突变或缺陷，也会导致生长激素分泌异常，进而造成儿童身材矮小。
内分泌疾病引发
甲状腺功能减退：甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童生长发育至关重要。当甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会使儿童代谢缓慢，生长速度减慢，出现矮小情况。一般通过检测甲状腺功能可以发现异常。先天性肾上腺皮质增生症：这是一种内分泌遗传代谢病，患儿体内激素失衡，会影响生长发育，导致身材矮小。
遗传因素导致
家族遗传：如果父母双方身材较矮小，儿童遗传到相关基因，就容易出现矮小情况。比如父母均为矮身材，儿童发生矮小的概率相对较高。染色体异常：像特纳综合征，这是女性常见的一种性染色体异常疾病，患儿会出现身材矮小、第二性征不发育等表现。
营养与生活因素影响
营养不良：儿童长期摄入营养不足，尤其是蛋白质、钙、磷等营养素缺乏，会影响骨骼生长和身体发育，导致身材矮小。例如饮食中肉类、奶制品等摄入过少。睡眠不足：儿童在睡眠过程中会分泌大量生长激素，保证充足的睡眠对身高增长很重要。长期睡眠不足会影响生长激素分泌，进而影响身高，一般建议儿童每天保证10~14小时的睡眠时间。