舌头下面长了个小肉芽且伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.口腔溃疡：口腔溃疡是一种常见的口腔黏膜溃疡性损伤，可能由局部创伤、精神紧张、食物、药物、营养不良、激素水平改变等因素引起。溃疡通常呈圆形或椭圆形，表面覆盖有一层黄色或灰白色的假膜，周围有红晕，伴有明显的疼痛。治疗口腔溃疡的药物有口腔溃疡散、桂林西瓜霜等。
2.口腔尖锐湿疣：口腔尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的一种性传播疾病，主要通过性接触传播。口腔尖锐湿疣通常发生在舌头、颊黏膜、牙龈等部位，表现为乳头状、菜花状或鸡冠状的赘生物，表面粗糙，质地柔软，伴有疼痛或瘙痒。治疗口腔尖锐湿疣的药物有咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等。
3.口腔扁平苔藓：口腔扁平苔藓是一种常见的口腔黏膜慢性炎症性疾病，可能与免疫、感染、内分泌、精神等因素有关。口腔扁平苔藓好发于颊部、舌头、牙龈等部位，表现为白色或灰白色的条纹或斑块，可大可小，可相互融合，伴有疼痛、烧灼感或粗糙感。治疗口腔扁平苔藓的药物有维A酸乳膏、他克莫司软膏等。
4.口腔鳞癌：口腔鳞癌是一种常见的口腔恶性肿瘤，可能与长期吸烟、饮酒、嚼槟榔、HPV感染等因素有关。口腔鳞癌好发于舌缘、舌腹、舌根等部位，表现为溃疡性或外生型的肿块，质地坚硬，伴有疼痛、出血、恶臭等症状。治疗口腔鳞癌的方法有手术治疗、放疗、化疗等。
如果舌头下面长了个小肉芽且伴有疼痛，建议及时就医，进行相关的检查和诊断，明确病因，然后采取相应的治疗措施。同时，要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，避免吸烟、饮酒等。