舌根两侧疼痛可能是多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.感染：细菌、病毒或其他微生物感染可能导致舌根两侧疼痛。喉咙炎、扁桃体炎等上呼吸道感染常常会影响舌根。
2.溃疡：口腔溃疡或其他口腔黏膜溃疡可能出现在舌根两侧，引起疼痛。
3.过敏：对某些食物、药物或口腔清洁用品过敏可能导致舌根疼痛。
4.口腔损伤：咬伤、烫伤或其他口腔损伤也可能导致舌根疼痛。
5.自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮，可能影响口腔黏膜，导致舌根疼痛。
6.肿瘤：舌根部位的肿瘤或其他异常生长也可能引起疼痛，但这种情况相对较少见。
7.神经痛：舌咽神经痛等神经病变可能导致舌根疼痛。
8.其他原因：干燥的口腔环境、过度使用嗓子、压力等也可能引起舌根疼痛。
如果舌根两侧疼痛持续时间较长、严重影响生活，或伴有其他症状，如发热、吞咽困难、呼吸困难等，建议及时就医。医生会进行详细的口腔检查、询问病史，并可能进行进一步的检查，如血液检查、影像学检查等，以确定疼痛的具体原因，并给予相应的治疗。
在等待就医期间，可以尝试以下方法缓解疼痛：
1.保持口腔清洁，用温盐水漱口。
2.避免食用辛辣、刺激性食物和酸性食物。
3.多喝水，保持口腔湿润。
4.避免过度用嗓。
5.注意休息，减轻压力。
需要注意的是，对于舌根两侧疼痛的具体原因，需要根据个人情况进行综合判断和诊断。因此，及时就医并遵循医生的建议是非常重要的。