跑步时膝盖骨头疼痛的原因可能有以下几点：
1.跑步姿势不正确：如果跑步时膝盖内扣或过度伸直，会增加膝盖的压力，导致疼痛。
2.肌肉力量不足：腿部肌肉力量不足会导致膝盖不稳定，增加受伤的风险。
3.过度训练：如果跑步量过大或频率过高，会导致膝盖过度疲劳，引起疼痛。
4.地面不平整：跑步时地面不平整或有坡度，会增加膝盖的负担，导致疼痛。
5.膝关节疾病：如半月板损伤、滑膜炎、髌骨软化等，会导致膝盖疼痛。
6.其他因素：如体重过重、鞋子不合适、缺乏热身等也可能导致膝盖疼痛。
如果跑步时出现膝盖骨头疼痛，应立即停止跑步，休息一段时间。如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。在日常生活中，应注意保持正确的跑步姿势，加强腿部肌肉力量训练，控制跑步量和频率，选择合适的跑鞋，做好热身和拉伸等。