金匮肾气丸与桂附地黄丸的主要成分相同，均含有附子（制）、肉桂、熟地黄、山茱萸（制）、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻等中药，但金匮肾气丸中牛膝和车前子两味药，而桂附地黄丸中含有牛膝和肉桂两味药。
金匮肾气丸与桂附地黄丸的功效也基本相同，均具有温补肾阳，化气行水的功效，用于肾虚水肿，腰膝酸软，小便不利，畏寒肢冷。但金匮肾气丸还具有干地黄的功效，因此金匮肾气丸偏于平补，长于治标，适用于肾阳不足引起的病症；桂附地黄丸则偏于温补，长于治本，适用于肾阳亏虚引起的病症。
总的来说，金匮肾气丸与桂附地黄丸的区别主要在于组方和功效的侧重点不同，具体使用哪种药物，应根据个人的体质、症状等因素在医生的指导下选择。