金匮肾气丸与桂附地黄丸的主要区别在于成分和功效上略有差异。
金匮肾气丸的成分包括地黄、山药、酒萸肉、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝、附子（制）、牛膝（去头）、车前子。辅料为蜂蜜。它具有温补肾阳、化气行水的功效，用于肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷。
桂附地黄丸的成分是肉桂、附子（制）、熟地黄、山茱萸（制）、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻。辅料为蜂蜜。它的功效是温补肾阳，用于肾阳不足，腰膝痠冷，小便不利或反多，痰饮喘咳。
因此，两种药物的区别主要体现在成分和功效上，患者应在医生的指导下根据具体症状选择合适的药物。