三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还未发育完善，摇头可能是在自我安抚。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，会感到瘙痒，从而通过摇头来缓解。
3.缺钙：宝宝缺钙会导致头部多汗，刺激头皮，使宝宝摇头。
4.头皮瘙痒：宝宝的新陈代谢快，头部容易出汗，若没有及时清理，可能会导致头皮瘙痒，引起摇头。
5.中耳炎：宝宝的耳部结构尚未发育完善，若喂奶姿势不当，或洗澡时耳朵进水，可能会引发中耳炎，导致宝宝摇头。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持舒适的睡眠环境，调整合适的温度和湿度。
2.及时清理宝宝的汗液，保持头部清洁。
3.给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳。
4.给宝宝选择透气、柔软的枕头，勤洗勤换。
5.注意喂奶姿势，避免宝宝呛奶，洗澡时防止耳朵进水。
6.如果宝宝摇头的同时，还伴有哭闹、烦躁、夜惊等症状，可能是缺钙引起的，需要及时就医，检查微量元素，在医生的指导下补充钙剂。
7.如果宝宝摇头的同时，还伴有耳部流脓、疼痛等症状，可能是中耳炎引起的，需要及时就医，进行耳部检查，在医生的指导下使用药物治疗。
总之，三个月宝宝睡觉老是摇头，需要家长密切观察，如果症状持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，明确原因，以便采取相应的治疗措施。