三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关：
1.正常生理现象：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，可能会出现摇头、手抖等无意识动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝的皮肤娇嫩，如果出汗较多、湿疹、皮肤感染等，会导致头部瘙痒，从而引起摇头。
3.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥、潮湿，也会让宝宝感到不舒服，从而出现摇头的现象。
4.维生素D缺乏：维生素D缺乏会导致宝宝血钙降低，神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、夜惊等症状。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等耳部疾病，也会引起宝宝摇头。
如果宝宝除了摇头，还伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊、多汗等，或者摇头的情况持续时间较长，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
此外，家长在日常生活中要注意保持宝宝的皮肤清洁，及时更换汗湿的衣物；根据天气情况，合理调整宝宝的穿着和所处的环境温度；给宝宝补充维生素D，多晒太阳；注意观察宝宝的耳部是否有异常分泌物等。
同时，对于特殊人群，如早产儿、低体重儿等，由于其身体发育尚未完全，更容易出现维生素D缺乏等问题，家长更应该注意宝宝的营养摄入和健康状况，定期带宝宝进行体检。
总之，三个月宝宝睡觉老是摇头可能是正常的生理现象，也可能是疾病引起的，家长需要密切观察宝宝的情况，如果有异常表现，应及时就医。