三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.生理因素
神经系统发育不完善：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，容易受到外界刺激的影响，从而出现摇头的现象。
温度不适：宝宝睡觉时，如果室内温度过高或过低，或者宝宝盖的被子太厚或太薄，都可能导致宝宝感到不适，从而出现摇头的现象。
皮肤瘙痒：如果宝宝的头部、颈部或背部等部位出现湿疹、痱子等皮肤问题，会导致皮肤瘙痒，从而引起宝宝摇头。
2.病理因素
维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病是由于维生素D摄入不足或缺乏导致钙磷代谢紊乱，引起的一种全身性慢性营养性疾病。宝宝会出现多汗、夜惊、烦躁不安、摇头等症状。
中耳炎：中耳炎是由于细菌或病毒感染引起的中耳炎症。宝宝会出现耳部疼痛、发热、哭闹、摇头等症状。
外耳道炎或湿疹：外耳道炎或湿疹会导致耳部瘙痒，宝宝会通过摇头来缓解瘙痒。
其他：宝宝如果患有脑瘫、脑积水等疾病，也可能出现睡觉摇头的现象。
如果宝宝睡觉老是摇头，同时伴有哭闹、烦躁、多汗、夜惊等症状，或者摇头的症状持续时间较长，建议及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，在日常生活中，家长可以注意以下几点，帮助宝宝改善睡眠质量。
1.保持适宜的睡眠环境，室内温度适中，空气流通，避免过度嘈杂。
2.给宝宝选择柔软、舒适的床上用品，保持宝宝的皮肤清洁干燥。
3.注意宝宝的饮食，及时添加辅食，保证宝宝摄入足够的营养物质。
4.给宝宝补充维生素D，促进钙的吸收。
5.不要让宝宝养成抱着、摇晃等不良的睡眠习惯。
需要注意的是，三个月的宝宝还处于生长发育的关键时期，如果家长发现宝宝有任何异常情况，应及时就医，以便早期诊断和治疗。同时，家长也要保持耐心，细心观察宝宝的一举一动，为宝宝的健康成长提供良好的保障。