三个月宝宝睡觉摇头，可能与以下原因有关。
1.温度因素：宝宝头部容易出汗，若室内温度过高或被子太厚，会使宝宝感到不适，出现摇头的现象。
2.湿疹：宝宝头皮上可能会有皮疹，伴有瘙痒，也会导致宝宝在睡觉时摇头。
3.缺钙：宝宝体内维生素D不足，可能会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头等症状。
4.头皮瘙痒：如果宝宝没有及时清洗头发，头皮上的污垢可能会刺激头皮，引起瘙痒，导致宝宝摇头。
5.习惯问题：有些宝宝可能会通过摇头来表达自己的情绪或寻求安慰。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、生长发育正常，一般不需要特殊处理。但如果宝宝摇头频繁，伴有多汗、夜惊、烦躁等症状，或者宝宝出现了其他异常表现，建议及时就医，进行相关检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
此外，家长在日常生活中要注意保持宝宝的头皮清洁，及时给宝宝修剪指甲，避免宝宝抓伤自己。同时，要根据室内温度和季节，给宝宝选择合适的衣物和被子，不要给宝宝穿得过多或盖得太厚。如果宝宝有湿疹，要及时治疗，并保持皮肤清洁干燥。如果宝宝有缺钙的情况，要在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，但也可能是某些疾病的表现，家长要密切观察宝宝的情况，如果发现异常，要及时就医。