脾肾两虚多由多种因素长期作用所致。先天禀赋不足是一个因素，若父母体质较弱，可能使胎儿在孕育时就埋下脾肾亏虚的隐患。后天饮食不节也会引发，长期暴饮暴食、偏好辛辣油腻或寒凉之品，会损伤脾胃功能，进而影响到肾，导致脾肾两虚。
一、久病耗伤
长期患有慢性疾病，如慢性肾病、慢性消化系统疾病等，疾病迁延不愈，会不断损耗脾肾之气。例如慢性肾炎患者，病情反复，肾气受损，同时脾胃运化也受影响，易出现脾肾两虚的状况。
二、年老体衰
随着年龄增长，人体的脏腑功能逐渐衰退，肾的精气渐亏，脾胃的运化能力也减弱，从而容易出现脾肾两虚。老年人各器官功能退化，相较年轻人更易受脾肾两虚困扰。
三、过度劳累
长期过度劳累，包括体力劳动过度和脑力劳动过度。体力劳动过重会损伤脾气，脑力劳动过度易耗伤心神，进而影响到肾，最终导致脾肾两虚。比如长期从事重体力劳动的人群，就较易出现此类问题。
四、情志失调
长期的焦虑、抑郁等不良情志会影响肝脏的疏泄功能，而肝木克脾土，肝郁会影响脾胃的运化；同时，情志不舒也会波及肾脏，导致脾肾两虚。像长期处于高压工作环境、精神紧张的人群，就容易出现情志失调相关的脾肾两虚情况。