肛门内有疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔可在肛门内形成肿物，伴有疼痛、便血等症状。长期腹泻、便秘或久坐等可导致痔疮的发生。
2.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开后形成的小溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。肛门检查时可发现肛裂的裂口。
3.肛周脓肿：肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，脓肿破溃后可形成肛瘘。肛门周围出现红肿、疼痛的肿物，伴有发热、寒战等全身症状。
4.直肠息肉：是直肠黏膜表面突出的赘生物，通常无明显症状，较大的息肉可引起肛门坠胀、腹痛、腹泻等不适。
5.肛管或直肠肿瘤：肛管或直肠的良恶性肿瘤也可导致肛门内肿物和疼痛，还可能伴有大便习惯改变、脓血便等症状。
如果出现肛门内疙瘩伴疼痛，建议及时就医，进行详细的肛门指诊、肛门镜或结肠镜等检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。在就诊前，应注意保持肛门局部清洁，避免食用辛辣刺激性食物，避免久坐久蹲。