怀孕39天做b超不一定能看见孕囊。一般情况下，怀孕35天左右，b超可在宫腔内看到孕囊；怀孕42天左右，b超可看见胎芽；怀孕49天以后，b超可看见胎心搏动。
但孕囊的出现时间因人而异，主要与受孕时间早晚有关。如果平时月经周期规律，为28-30天一次，怀孕39天时，通过b超检查，有可能会看见孕囊。如果平时月经周期延长，受孕时间就会推迟，怀孕39天时，通过b超检查，可能还看不见孕囊。
此外，需要注意的是，即使怀孕39天时通过b超检查看见了孕囊，也不能完全排除宫外孕的可能。因为宫外孕时，孕囊可能会在输卵管、卵巢等部位着床，而这些部位的孕囊通过b超检查不容易被发现。
因此，如果怀孕39天时通过b超检查没有看见孕囊，且没有出现腹痛、阴道流血等异常情况，可以在1-2周后复查b超，以明确孕囊的着床位置。如果怀孕39天时通过b超检查看见了孕囊，且出现了腹痛、阴道流血等异常情况，需要及时就医，以排除宫外孕的可能。