怀孕39天做B超不一定能看到孕囊，一般怀孕35天左右可以看到孕囊，怀孕42天左右可以看到胎芽，怀孕49天左右可以看到胎心搏动。
如果平时月经周期规律，怀孕39天做B超检查，有可能会看到孕囊，但也有可能看不到孕囊。因为孕囊的出现时间与受精卵着床时间、月经周期长短等因素有关。如果受精卵着床时间晚，或者月经周期长，孕囊出现的时间也会相应推迟。
如果没有腹痛、阴道流血等异常情况，建议可以在怀孕49天左右做B超检查，以确定孕囊、胎芽、胎心搏动情况。如果怀孕49天还看不到孕囊，需要警惕宫外孕的可能。
需要注意的是，B超检查是一种安全、无创的检查方法，但也不是所有孕妇都适合做B超检查。如果有以下情况，建议咨询医生是否需要做B超检查：
阴道流血或腹痛。
曾经有过不良孕产史。
患有其他疾病，如糖尿病、高血压等。
怀疑有宫外孕。
其他医生建议做B超检查的情况。
总之，怀孕39天做B超检查是否能看到孕囊，需要根据具体情况而定。如果没有异常情况，建议可以在怀孕49天左右做B超检查，以确定孕囊、胎芽、胎心搏动情况。