三个月大的宝宝胀肚子，可能是由于以下原因：
1.喂奶方式不当：宝宝吃奶过多，或者奶嘴孔径过大，导致宝宝吸入过多空气；或者是宝宝吃奶时哭闹，也会吸入大量空气，导致腹胀。
2.消化不良：宝宝吃了过多的蛋白质或脂肪类食物，或者食物在胃内消化不完全，导致腹胀。
3.肠道菌群失调：宝宝肠道内的菌群失衡，有害菌增多，会导致消化不良，引起腹胀。
4.腹部受凉：宝宝腹部受凉，会导致胃肠道蠕动减慢，食物在胃肠道内发酵产生气体，引起腹胀。
5.其他：宝宝患有某些疾病，如肝炎、胆囊炎、胰腺炎等，也会导致腹胀。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.调整喂奶方式：喂奶时，要让宝宝含住乳头和大部分乳晕，避免吸入过多空气；奶嘴孔径要适中，避免宝宝吸入过多空气。喂奶后，要及时拍嗝，帮助宝宝排出胃内空气。
2.按摩腹部：以宝宝的肚脐为中心，顺时针按摩宝宝的腹部，促进胃肠道蠕动，帮助排气。
3.服用益生菌：可以给宝宝服用一些益生菌，调节肠道菌群，促进消化。
4.注意腹部保暖：给宝宝穿上肚兜，避免腹部受凉。
5.及时就医：如果宝宝腹胀严重，或者伴有呕吐、腹泻、发热等症状，应及时就医，以便明确病因，进行针对性治疗。
需要注意的是，在给宝宝服用益生菌时，要注意水温不宜过高，以免益生菌失活。同时，要密切观察宝宝的症状是否缓解，如果症状持续不缓解，应及时就医。