肛门上面长小疙瘩一摸就疼可能是多种肛肠疾病的表现，需及时关注，明确病因后采取相应措施。
一、血栓性外痔
通常是由于排便用力、剧烈运动等导致肛周皮下静脉破裂，血液淤积形成血栓。表现为肛门部突然出现暗紫色圆形肿块，疼痛明显。多与长期久坐、便秘等生活方式有关，久坐会影响肛周血液循环，便秘时排便用力易诱发。
二、肛周脓肿
多因肛腺感染引起，细菌侵入肛腺后，感染蔓延至肛周间隙形成脓肿。表现为肛门周围持续性疼痛、肿胀，有硬结。免疫力较低者更易发生，如糖尿病患者，高血糖环境利于细菌繁殖，增加患病风险。
三、尖锐湿疣
由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致，通过性接触传播。表现为肛门周围出现单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增多、增大，可呈菜花状，伴有疼痛或瘙痒。有不洁性生活史者需高度警惕。
四、肛裂伴前哨痔
长期便秘、粪便干结撑裂肛管皮肤，反复感染后在肛门缘形成前哨痔，同时伴有疼痛、便血。便秘人群因粪便过硬易引发，儿童若饮食结构不合理、膳食纤维摄入少也可能出现。
出现肛门上面长小疙瘩一摸就疼的情况，应避免搔抓、摩擦患处，保持肛周清洁，及时就医，通过医生的专业检查明确诊断，采取针对性治疗。