怀孕三个月头疼可能是以下原因导致的：
1.激素变化：怀孕后，女性体内激素水平会发生变化，这可能会导致头疼。
2.睡眠不足：怀孕期间，孕妇可能会因为尿频、恶心等不适而影响睡眠，导致睡眠不足，从而引起头疼。
3.精神压力：怀孕期间，孕妇可能会因为担心胎儿健康、工作压力等因素而感到精神紧张，这也可能会导致头疼。
4.饮食问题：怀孕期间，孕妇的口味可能会发生变化，某些食物可能会引起头疼，比如奶酪、巧克力、咖啡等。
5.其他因素：怀孕期间，孕妇的身体负担会增加，可能会导致血压升高、贫血等问题，从而引起头疼。
如果头疼症状较轻，可以通过以下方法缓解：
1.休息：保证充足的睡眠，避免过度劳累。
2.调整饮食：避免食用可能引起头疼的食物，多吃新鲜的水果、蔬菜等。
3.放松心情：通过听音乐、冥想、散步等方式放松心情，缓解精神压力。
4.按摩：用手指轻轻按摩头部、颈部等部位，缓解肌肉紧张。
如果头疼症状严重或持续时间较长，建议及时就医，医生可能会建议进行进一步的检查，以排除其他潜在的健康问题，并根据具体情况给予相应的治疗。