药物组成区别
六味地黄丸主要由熟地黄、酒萸肉、牡丹皮、山药、茯苓、泽泻组成。
知柏地黄丸则是在六味地黄丸的基础上，加了知母和黄柏两味药。
功能主治区别
六味地黄丸：具有滋阴补肾的功效，常用于肾阴亏损，头晕耳鸣，腰膝酸软，骨蒸潮热，盗汗遗精，消渴等病症。从中医理论角度看，肾阴亏虚时，会出现一系列阴虚的症状，六味地黄丸通过滋补肾阴来改善这些状况，适用于一般的肾阴不足人群，比如中老年人出现轻微的腰膝酸软、盗汗等肾阴亏虚表现时可考虑使用，但要根据个体情况判断。对于不同年龄性别来说，只要符合肾阴亏损的证候表现均可使用，但儿童如有相关适应证且符合用药规范时也可在医生指导下使用，但需谨慎。
知柏地黄丸：在六味地黄丸滋阴补肾的基础上，增强了清热降火的作用，主治阴虚火旺，潮热盗汗，口干咽痛，耳鸣遗精，小便短赤等症。它更适用于肾阴亏虚同时伴有明显虚火症状的人群，像一些中年男性出现阴虚火旺导致的遗精、耳鸣等情况，或者女性更年期出现阴虚火旺相关症状时可能会选用知柏地黄丸。在特殊人群方面，孕妇应慎用知柏地黄丸，因为其中的知母、黄柏等药物性质寒凉，可能会对胎儿产生一定影响；儿童如有阴虚火旺表现需使用时，也需要在医生严格指导下进行，因为儿童的身体机能与成人不同，对药物的耐受和反应有其特殊性。
药理作用区别
六味地黄丸：现代药理研究表明，六味地黄丸具有调节免疫、抗衰老、改善学习记忆、降血脂、降血糖、抗疲劳等作用。比如有研究发现其对机体的免疫功能有一定的调节作用，能增强机体的抗病能力；在抗衰老方面，可能通过影响机体的氧化应激等相关通路来发挥作用，但具体机制较为复杂，是通过多成分、多靶点来实现其多种药理效应的。
知柏地黄丸：除了具有六味地黄丸的部分药理作用外，由于加了知母和黄柏，其清热降火作用的药理基础更明显，知母能清热泻火、生津润燥，黄柏能清热燥湿、泻火除蒸，两者与六味地黄丸的药物配伍后，增强了对阴虚火旺证的治疗作用，在抗炎、抗菌等方面可能也有一定协同作用来体现其清热的药理效应，但同样是通过多途径发挥作用，其具体的药理机制也是在多个环节上进行调节。