如果流产三天后肚子疼得厉害，可能是以下原因引起：
1.子宫收缩：流产后，子宫需要通过收缩来恢复到正常大小，这个过程中可能会引起疼痛。这种疼痛通常是阵发性的，并且会逐渐减轻。如果疼痛持续时间较长或加剧，建议及时就医。
2.宫腔残留：如果流产不完全，宫腔内有残留的组织，可能会导致肚子疼。此外，还可能伴有阴道流血、发热等症状。
3.感染：流产后，如果不注意个人卫生，可能会引起感染，导致肚子疼。还可能伴有阴道分泌物异常、异味等症状。
4.其他：流产后，子宫附近的器官如输卵管、卵巢等也可能发生炎症，引起肚子疼。此外，过度劳累、情绪波动等也可能导致肚子疼。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.注意休息：流产后需要充分休息，避免过度劳累和剧烈运动。
2.注意个人卫生：保持外阴清洁，勤换卫生巾。
3.饮食调整：多吃富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，避免辛辣、刺激性食物。
4.观察症状：注意观察阴道流血、肚子疼等症状的变化，如果症状加重或持续时间较长，应及时就医。
5.按医嘱用药：如果医生开了药物，应按医嘱使用，不要自行增减剂量或停药。
需要注意的是，以上内容仅供参考，如果症状持续不缓解或出现其他异常情况，建议及时就医，以便明确诊断并进行针对性治疗。