三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能是由环境因素、皮肤问题、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。以下是一些建议：
1.调整环境：保持宝宝的睡眠环境舒适、安静，温度适宜，避免过度刺激。
2.注意皮肤护理：及时清洁宝宝的头皮，保持皮肤干燥，避免湿疹等皮肤问题的发生。
3.补充维生素D：宝宝出生后应及时补充维生素D，促进钙的吸收，预防佝偻病。
4.观察其他症状：如果宝宝除了摇头外，还伴有多汗、夜惊、烦躁等症状，可能是维生素D缺乏性佝偻病引起的，需要及时就医，在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
5.就医检查：如果宝宝摇头的情况持续不缓解或伴有其他异常症状，如发热、呕吐、抽搐等，应及时就医，进行相关检查，以明确原因。
需要注意的是，每个宝宝的情况都不同，如果家长对宝宝的睡眠情况感到担忧，最好咨询医生的意见，以确保宝宝的健康。