三个月宝宝睡觉摇头，可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现。以下是一些可能的原因和建议：
1.正常的生理现象：
宝宝神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统还没有完全发育成熟，可能会出现一些无意识的动作，包括摇头。
宝宝头皮瘙痒：宝宝的新陈代谢比较旺盛，头部容易出汗，若没有及时清洗，可能会导致头皮瘙痒，从而引起摇头。
宝宝感觉无聊：宝宝在睡觉前可能会感到无聊，通过摇头来自我安慰。
对于这些正常的生理现象，家长无需过于担心，只要注意保持宝宝的头部清洁，及时修剪指甲，避免抓伤头皮即可。同时，也可以给宝宝提供一些安抚玩具，帮助宝宝放松心情。
2.疾病因素：
湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、脱屑等症状。
中耳炎：中耳炎是宝宝常见的耳部疾病，除了摇头外，还可能伴有哭闹、抓耳、发烧等症状。
维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病的早期表现之一就是多汗，宝宝会出现摇头、烦躁、哭闹等症状。
如果宝宝除了摇头外，还伴有其他异常症状，家长应及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是疾病的表现。家长应密切观察宝宝的情况，如果症状持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医。同时，家长应注意保持宝宝的头部清洁，避免过度摇晃宝宝，给宝宝提供一个安静、舒适的睡眠环境。