牛膝、川牛膝和怀牛膝的区别主要体现在以下几个方面：
1.植物来源：牛膝是苋科植物牛膝的根；川牛膝是苋科植物川牛膝的根；怀牛膝则是苋科植物牛膝的根。
2.性味归经：牛膝味苦、甘、酸，平，归肝、肾经；川牛膝味甘、微苦，平，归肝、肾经；怀牛膝味苦、酸，平，归肝经。
3.功效主治：牛膝具有逐瘀通经、补肝肾、强筋骨、利尿通淋、引血下行的功效，主要用于治疗经闭、痛经、腰膝酸痛、筋骨无力、淋证、水肿、头痛、眩晕、牙痛、口疮、吐血、衄血等症；川牛膝具有逐瘀通经、通利关节、利尿通淋的功效，主要用于治疗经闭、痛经、胞衣不下、关节痹痛、足痿筋挛、尿血、血淋、跌扑损伤等症；怀牛膝具有补肝肾、强筋骨、逐瘀通经、引血下行的功效，主要用于治疗腰膝酸痛、筋骨无力、经闭症瘕、肝阳眩晕等症。
4.用法用量：牛膝和川牛膝的用法用量一般为4.5～9g；怀牛膝的用法用量一般为9～15g。
5.注意事项：孕妇及月经过多者禁用牛膝；中气下陷、脾虚泄泻、下元不固、多梦遗精者慎用牛膝；月经过多及孕妇禁服川牛膝；中气下陷、脾虚泄泻、下元不固者禁用川牛膝；孕妇及月经过多者禁用怀牛膝。
总之，牛膝、川牛膝和怀牛膝虽然都是苋科植物的根，但在植物来源、性味归经、功效主治、用法用量和注意事项等方面都有一定的区别，在使用时应注意区分。