跑完步脑袋两侧疼，可能与以下原因有关。
1.运动强度过大：跑步时身体需要更多的氧气和能量，心跳加快，血压升高，如果运动强度过大，身体会处于缺氧和代谢产物堆积的状态，从而引起脑袋两侧疼。
2.缺乏热身：跑步前如果没有充分热身，身体的肌肉、关节等还没有适应运动状态，容易导致运动损伤和疼痛，包括脑袋两侧疼。
3.水分流失：跑步时出汗量增加，如果没有及时补充水分，身体会出现脱水现象，从而引起脑袋两侧疼。
4.颈椎问题：如果本身存在颈椎问题，跑步时头部的晃动可能会加重颈椎的负担，导致脑袋两侧疼。
5.其他因素：营养不良、睡眠不足、心理压力过大等也可能导致跑步后脑袋两侧疼。
针对以上原因，可以采取以下措施缓解疼痛。
1.调整运动强度：根据自己的身体状况和运动能力，合理调整跑步的强度和速度，避免过度运动。
2.充分热身：跑步前进行充分的热身运动，活动全身关节，拉伸肌肉，为身体做好准备。
3.及时补充水分：跑步过程中及时补充水分，保持身体水分平衡，避免脱水。
4.注意姿势：保持正确的跑步姿势，头部保持正直，不要过度晃动。
5.治疗颈椎问题：如果本身存在颈椎问题，应及时就医，进行治疗。
6.调整生活方式：保持均衡的饮食、充足的睡眠和良好的心理状态，有助于缓解疼痛。
如果跑步后脑袋两侧疼的症状持续不缓解或伴有其他症状，如恶心、呕吐、视力模糊等，应及时就医，进行详细的检查和诊断，以排除其他潜在的健康问题。