肛门外长有很多小疙瘩并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.外痔：肛缘皮肤皱襞突起，如水泡样，颜色为青紫色，一般无明显症状，或伴有肛门坠胀、疼痛等。可在医生的指导下使用痔疮膏、痔疮栓等药物进行治疗。
2.肛周脓肿：由肛腺感染引起，可在肛门周围出现肿块，伴有疼痛、发热等症状。需要及时就医，进行切开引流或手术治疗。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。肛门周围可出现菜花状、乳头状的赘生物，伴有瘙痒、疼痛等症状。可采用激光、冷冻、电灼等方法进行治疗。
4.肛管直肠恶性肿瘤：肛管或直肠内的肿瘤可导致肛门周围出现肿块，并伴有疼痛、出血、大便性状改变等症状。需要进行病理活检，明确诊断后采取相应的治疗措施。
此外，肛门湿疹、肛瘘等也可能导致类似症状。由于病因较为复杂，建议及时就医，进行详细的检查，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持肛门清洁，避免搔抓、摩擦，避免食用辛辣、刺激性食物。