甲钴胺和维生素B12都是营养神经的药物，但在药物成分、适应症、不良反应等方面存在区别。
甲钴胺是一种内源性的辅酶B12，存在于血液、髓液中，与维生素B12相比，其对神经元的传导有良好的改善作用，且副作用小，更易进入神经元细胞器，适用于周围神经病。
维生素B12也叫钴胺素，是一种水溶性维生素，在人体中参与多种代谢反应，是维持神经功能健全不可缺少的物质。维生素B12缺乏时，可影响神经鞘脂类的合成，导致轴索变性和脱髓鞘，引起神经功能障碍，适用于巨幼细胞贫血和因缺乏维生素B12所致的神经炎。
此外，两者的不良反应也有所不同。甲钴胺偶见胃肠道反应、过敏反应；维生素B12过量可致过敏反应。
需要注意的是，甲钴胺和维生素B12应在医生的指导下使用，如有不适或过敏等不良反应，应及时就医。同时，在使用过程中应注意药物的相互作用，避免与其他药物同时使用。