怀孕三个月肚子有点隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长发育。在这个过程中，子宫可能会出现牵扯性疼痛，通常为隐痛或钝痛，休息后可缓解。
2.子宫韧带拉伸：怀孕后，子宫附近的韧带会受到牵拉，可能引起腹部隐痛。
3.胃肠道不适：怀孕后，体内激素水平的变化可能会影响胃肠道功能，导致消化不良、便秘等，从而引起腹部不适。
4.其他：孕妇如果过度劳累、情绪紧张，也可能出现腹部隐痛。
如果疼痛持续时间较长、程度较重，或伴有阴道流血、破水等异常情况，应及时就医，以排除先兆流产、宫外孕等异常情况。
在日常生活中，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，避免紧张和焦虑。同时，应注意饮食卫生，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜和水果，保持大便通畅。如果腹痛加重或出现其他异常情况，应及时就医。