怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是以下原因引起：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。在这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛或不适感。
2.子宫收缩：怀孕三个月时，子宫可能会偶尔出现不规则收缩，称为假性宫缩。这种收缩通常不会引起流产，但可能会导致肚子隐隐作痛。
3.韧带拉伸：随着子宫的增大，连接子宫的韧带会被拉伸，可能会引起腹部轻微疼痛。
4.其他原因：如消化不良、肠道问题、腹部受凉等，也可能导致肚子隐隐作痛。
如果疼痛不严重，没有阴道流血等异常情况，可以先观察。注意休息，避免剧烈运动和性生活。同时，要注意饮食卫生，避免食用不洁食物或刺激性食物。
如果疼痛持续加重或伴有阴道流血、破水等异常情况，应立即就医。医生可能会进行B超检查、血液检查等，以确定疼痛的原因，并采取相应的治疗措施。
此外，怀孕三个月时，孕妇应及时到医院建立围产期保健卡，定期进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。