怀孕三个月肚子有点隐隐作痛可能是正常的生理现象，也可能是某些疾病的表现，需要具体情况具体分析。
怀孕三个月时，子宫逐渐增大，可能会牵拉周围的韧带，引起腹部轻微疼痛。这种疼痛通常是阵发性的，休息后可以缓解。此外，孕妇体内激素水平的变化也可能导致胃肠道不适，引起腹部隐痛。
然而，如果疼痛持续加重或伴有阴道出血、发热等症状，可能是异常情况，需要引起重视。以下是一些可能导致怀孕三个月肚子隐隐作痛的原因：
1.先兆流产：除了腹痛，还可能伴有阴道少量出血，可能是由于胚胎发育异常、孕妇过度劳累、孕激素水平不足等原因引起。
2.宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床发育，如输卵管、卵巢等，也会导致腹痛，常伴有阴道出血。
3.子宫肌瘤：怀孕期间，子宫肌瘤可能会发生红色变性，引起腹痛。
4.其他：如肠胃炎、阑尾炎等也可能导致腹部疼痛。
如果怀孕三个月肚子隐隐作痛，建议及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG和孕酮等，以明确原因。医生会根据具体情况给出相应的处理建议。
在孕期，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，合理饮食，如有异常应及时就医。同时，定期进行产前检查，以便及时发现和处理问题，确保胎儿的健康发育。